Чем проверяете индексацию сайтов?

Подскажите какая программа может сделать это через яндекс xml ?

TrafficLinks через яндекс-xml или там же через прямую выдачу с антигейтом, расход капчи не более 2,6% от общего числа запросов.

Есть так же php-скрипт для прямой выдачи, но смысла особо нет, выйдет дороже и функционал тот же, что и траффиклинкс.

Можно просто снять позиции по запросам "url:http://www.site.ru/" в яндексе, "info:http://www.site.ru/" в Google если позиция есть, значит в индексе, если нет значит нету.

Снять можно любым сервисом, который мониторит позиции (allpositions) или любой тулзой (key-collector).