Gateway Time-out

нет... но похожее

ну тогда вероятно это происходит из-за того, что вы через дочку апача запускаете процесс пхп и дочка эта убивается по таймауту апача. теорию не подведу под это (почему в пхп как модуль апача этого не происходит), но для парсера яндекс маркета нам приходилось увеличивать именно таймаут апача в режиме использования пхп как цгий. так что это не нечто уникальное и не связано именно с вашими настройками.

Если я все правильно помню, при работе mod_php сервер ждет пакет от клиента (при чтении данных от клиента) или подтверждение получения пакета клиентом (при передаче данных клиенту). Когда работет mod_cgi, этот таймаут задает макс. время ожидания ответа от cgi-приложения, в Вашем случае - php скрипта. Детали могут быть неточными, но смысл передал :)