Как лучше переодически удалять данные из БД.

Сделайте через крон и всё не нужно себе фантазировать что-то.

А на крон можно навешевать по 20-30 скриптов на день? Норм будет? Там точно такая же нагрузка какбудто я в адресной строке запустил скрипт? и не боллее?

Можно. Будет точно так же как вы их открываете в браузере. Сам крон НИКАКОЙ нагрузи не вызывает. Вызывает нагрузку, то что он выполняет. Если у вас с заданиями всё ок, то всё будет ок.

Сколько примерно записей нужно удалить за один запуск?

Чаще всего будет 0. А если и больше 0, то не на много...

Тогда как угодно. Можно например без крона, перед каждой записью в БД удалять старые записи.

Лишний запросы, чтобы узнавать есть ли эти записи. Так же это будет происходить КАЖДЫЙ раз. Поэтому лучше крон.

Не факт :):

Мб крон будет работать чаще, чем записывается в БД. Даже скорее всего так и будет:

Я просто думал, может когда запись добовляешь в БД, можно создать какое-нибудь поле со временем, и БД сама удалять будет через час. Ну ладно, сделаю крон, все равно нагрузки толком то и нет...

А вот ещё вопрос, чтобы тему не создавать...

Делаю проект довольно серьезный (по моим меркам), нагруженый. Какому принципу лучше придерживаться: большей таблиц в БД, но в каждой таблице меньше данных, чтобы бд быстрее обращалась... или наоборот лучше будет?

Если данные так быстро уходят, то может быть стоит подумать о переносе их в другое место? Например в key-value хранилище в котором можно задать время expire. Тогда записи будут сами когда надо отмирать, т.к. судя по всему вам известно когда запись должна быть удалена.

Если все-таки придерживаться вашего подхода - можно без cron-а обойтись, воспользовавшись MySQL Scheduler'ом.

https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/create-event.html

Например что-нибудь такое:

CREATE EVENT event_hourly

    ON SCHEDULE

        EVERY 1 HOUR

    COMMENT 'Удаляем ненужные записи.'

    DO

      DELETE FROM sessions WHERE Expire < NOW();