Как лучше переодически удалять данные из БД.

Незачем такие сложности. Просто создать таблицу типом memory и пусть она валяется в памяти.

Это-то понятно, что она должна быть Memory, но толку от этого? Задача состояла в том, чтобы таблицу чистить. Если она будет разрастаться не на диске, а в памяти - лучше не станет. key-value решение удобно тем, что там уже задуман expire механизм, что позволяет уйти от того cron-а, который не нравится автору.