Какой сервер выбрать?

Все варианты безумно дорогие.

У последнего выше почти в 2 раза удельная производительность ядра, а

это особо важно для магазинов с высоким радиусом кривизны, где страница генерируется

до секунды. (критично долго)

Но платить такого размера сетап за ширпотреб - нонсенс.

В первых 2-х конфигах контроллеры памяти 2-х канальные. При этом стоит 6GB памяти.

Подозреваю что смешали 1 и 2-х гиговые планки памяти, что очень хорошо характеризует техников.

Либо на одном контреллере 2 планки, а на втором одна, что также снижает скорость подсистемы памяти.

500GB SATA - не особо внятная характеристика.

WD Green и WD RaidEdition 4 при одинаковых объемах в 500GB отличаются в производительности до 5 раз.

Однако учитывая подход к "6GB оперативки" диски вероятнее всего будут категории "дешевое говно".