Вирус на сайте

Несколько дней назад гугл мне сообщил, что сразу на 3 моих сайтах были обнаружены вирусы. Посидев несколько минут в глубоком шоке, я принялся исправлять ситуацию. Первым делом я проверил комп на вирусы (неоднократно и различными антивирусами) было обнаружено более 100шт. (сказалось то, что я мудень и нормально не проверял комп уже больше года). После чего я сменил пароли для FTP, MySQL, SSH и начал искать вредные коды. Нашел я их в header.php и в .htaccess. ( на всех сайтах в одном и том же месте). Удалив коды и попросив гугл перепроверить сайт я наконец-то ушёл спать. Проснувшись утром, я увидел что гугл перепроверил мои сайты и вирусов не обнаружил.

Вопрос: Если гугл больше ничего не обнаружил, значит ли это, что сайты полностью чисты и что вредные коды полностью удалены? Мне очень хочется верить в то, что всё обошлось только 2 вредными кодами в header.php и .htaccess.

P.S. Как можно обезопасить себя от подобного в дальнейшем? (ну кроме регулярной проверки пк антивирусами).