Два сайта одной компании

cnrc, не понял что вас пугает, реализации каких рисков надо всеми силами избегать? Из общих соображений могу сказать, что два сайта, имхо, лучше. Вы, возможно, пойдете под фильтр аффиллиат, то есть в поисковой выдаче по одному запросу будет только одна страница одного сайта, но в случае если сайт будет один в выдаче точно будет одна страница. То есть ничего не потеряете от этого фильтра. Релевантность же небольшого сайта в целом и его поведенческие будут, вероятно, получше, чем у громадного. Поддомен, однако, воспринимается как отдельный сайт и тут больше вопрос администрировния и технических рисков важен.

А можно ли как нибудь самому склеить сайт? То есть как узнать, какой сайт он будет выдавать в поиске главным? В приоре хотелось бы, чтобы они работали совместно, и трафик который попадает на сайт aviabaltic, тоже неким волшебным способом получал информацию о том что это по сути две компании одного целого.

Написать Платонам.

Наиболее релевантный запросу. На один запрос это будет сайт А, а на другой запрос сайт Б.

Оно посетителю надо, знать структуру вашей компании и "кто на ком стоял"?!

Или же сделать таким образом.

Создать сайт авиабалтики и наполнить ее контентом. Сделать на сайте раздел школа пилотов и всё что с ней связано уже делать в том самом разделе. Существующий сайт flightsunlimited оставить и сделать редирект на сайт aviabaltic? Не будет ли такой сайт переполнен и отвергнут поисковиками? Тяжело ли его будет продвигать?

Яндексу пофиг все ваши ООО, ЗАО и прочие очень важные юридические лица. Он обслуживает интересы задающего вопрос, а не вашего директора, сисадмина, маркетолога и секретарши. Если ваш сайт отвечает на вопрос наилучшим образом, то продвигать его по этому запросу будет несложно. Если наилучшим образом ваш сайт отвечает на 100500 вопросов, то продвигать его будет несложно в принципе. Это относится как к одному, так и к двум, и к трем сайтам. Так как-то.

А продвигать придется сразу два сайта целиком. Скажем рекламный слоган типа:

Дорогие друзья!

Приходите учиться в авиационный центр avioBaltica в школе пилотов flights unlimited. А если я желаю сдавать в аренду самолёты, то можно сделать такой раздел как на сайте школы, так и на сайте авиабалтики и уже в поисковике он выдаст по запросу "аренда самолётов" сайт наиболее популярный по данному слову?

По одним и тем же запросам? Тогда вам второй сайт точно не нужен, если все уже есть на первом. Если же они разные, ничто не мешает вам продвигать "два сайта целиком".

При попадании под фильтр аффилиат в выдаче будет только один сайт наиболее релевантный данному запросу.

А с технической точки зрения, как лучше поступить? Два сайта? Или один сайт и поддомен?