Место языка в URL имеет значение?

Это полная ерунда.

По сути, вычитал на одном из seo форумов такую фразу:

Звучит не правдиво, потому что вес определяется ссылками на страницу... Но, может, я чего не знаю?

Так как лучше делать с точки зрения SEO? Или без разницы?

Нет, это точно ерудна. Вообще уровень вложенности - это не вид урла, а количество кликов от главной страницы сайта.

нужна просто удобная структура сайта.

если много статей, их нужно разложить по полочкам, что бы пользователю

было удобно находить, то что его интересует.

если пользователь попал к вам из ПС, на конкретную страницу, то

вы должны его заинтересовать, задержать на сайте как можно дольше.

вот, как раз на самых конечных страницах article

ru.site.com/category/article нужно сделать то, чего многие

забывают и в итоге не получают, так называемого, поведенческого фактора.

Это один домен

а это уже поддомен

Так структура сайта и вид урлов - вещи совершенно разные

"Имеет значение" для чего? Для чего-то - имеет, для чего-то - по-барабану.

ТопикСтартер, Алзим правильное направление мысли Вам подсказал, курите темы про поддомены и вложенные папки, разница есть, и она огромна.

Вид url: site.com/ru/category/article тоже может иметь значение для формирования вида ссылок в SERPe (если Вы умеете этим управлять)