Структура сайта в яндексе

У меня такой вопрос, сайт сильно потерял в позициях и я стал читать о возможных проблемах и где то вычитал, чем проще структура сайта- тем лучше. Полез я в яндекс вебмастер и посмотрел структуру сайта, удивило то, что там присутствует раздел, которого уже давным давно нет... И еще присутствует Search/ и index.php? а в них входит много других, т.е. как мне кажется усложняет структуру. Подскажите, нужно ли с этим бороться? Это магазин на virtuemart. Скрин кинул во вложение.

И еще, чтоб не плодить темы, выпало из поиска много страниц (как я уже писал), но в индексе остались страницы, которых уже нет, ошибка 404 (((

Заранее спасибо