Что грузит сервер.

Ну начнем с того, что оптимизации одним лишь mysqltunner недостаточно.

Нагрузка на процессор (us, sy) у вас минимальна. Но load average у вас большой для данной ситуации, также имеется ожидание ввода/вывода (wa).

Это свидетельствует о нагрузке на диск. Она может быть вызвана разными причинами.

- большое кол-во больших по размеру лог файлов веб сервера

- большие по размеру логи от mysql (error.log, slow.log, binary.log и т.п)

- большая по размеру база, плохо оптимизированный Mysql. Как я сказал выше - тюнера не достаточно

85% idle - этого мало?

поставьте утилитку atop и посмотрите еще там

yum install -y iotop

и так же посмотрите iotop.

wa 8+% - не многовато?

Слезайте с Nginx - Apache - переезжайте на Nginx - Php-Fpm. Очистку логов по крону (кроме базовых). Проблема должна решиться сама собой...

само собой оно решится только если никто на сайт ходить не будет :D

Чтобы посмотреть процессы мускуля которые в данный момент используются

mysqladmin pr

Так же смотрите логи мускуля,

Попробуйте mytop

тс, надо делать аудит, пишите посмотрим и расскажем что к чему.

---------- Добавлено 05.02.2013 в 01:46 ----------

было бы все так просто, а вот вредными советами не стоит забивать голову тс-а.

ТС htop поставь и сделай картинку с сортировкой (F6) по процессору.