Один, или несколько сайтов?

Правильно. Одна кампания — один сайт.

Я бы взялся только за главный

Лучше все силы вложить в основной проект.

Можно попробовать перекинуть второстепенные сайты на другие регионы, если компания там работает.

Вряд ли стоит, если вы говорите, что они требуют доработки. К тому же при аффилиации сайты в выдаче по одним запросам часто меняются время от времени: придется повозиться с релевантностью каждого сайта определенной группе запросов. Зеркальте на основной лучше.

Ответ зависит от тематики второстепенных сайтов. По некоторым запросам в топе только специальные сайты. Т.е. туда сайтом широкой тематики не войдешь:

паркет

Тематики второстепенных сайтов: автоэкспертиза, оценка ущерба, бухгалтерия.

лучше сделать один сайт

Я бы разнес на два сайта. Бухгалтерию, допустим, с регистрацией фирм можно было бы объединить, но не с оценкой.

Кстати, у клиентов физиков и юриков разное взаимодействие с сайтом. Т.е. там многое надо делать по-разному. Так что я бы делал разные сайты.

Химик дело говорит. Не думал, что тематики настолько различны, действительно, лучше здесь сегментировать.