Проблемы с конверсией в Я.Директе

помимо заказа через сайт есть еще телефон? эти конверсии считаете?

через сайт у вас конверсия 1%, во многих сферах через телефон обращений идет куда больше. Т.е. в сумме получается вполне нормальная конверсия.

Но если всё же вам кажется, что мало, то:

посмотрите страницы, куда отправляете пользователей. Если запросы связаны с конкретной группой товаров (коляски детские), то отправляйте их в каталог с этими товарами, а не на главную страницу.

Посмотрите косвенные показатели (показатель отказов, глубину просмотра, пути по сайту) в привязке к кампаниям, посадочным страницам - часто вылезают очевидные косяки - конкретная кампания имеет плохие показатели, или страница вхождения.

География. Если регионов много, посмотрите, какие регионы в аутсайдерах.

Посмотрите ключевые слова, по которым к вам фактически приходят, директ и метрика отлично друг друга понимают без всяких меток.

У вас есть отслеживаемый показатель конверсии. Дерзайте аналитику

Сравните трафик с поиска и с контекстна по поведению через GA и все будет ясно.