Как лучше регистрировать домены на ООО или на физлицо?

Зависит от того в каких зонах домены это раз.

Насчет юр или физ, если проект у тебя является частью ООО и в этом ООО еще учредители, то по идее как проект, так и домен должен быть на ООО, так как это его часть! А то получится в ООО деньги скидывали многие, и трудились тоже, а проект привязанный к домену будет на тебе как на физике, ни гуд получается.

Насчет какой регистратор надежный, да все они надежные, если аккредитованные, скорость взаимодействия у всех разная бывает, порой в разных моментах тормозят и тупят все известные, так что тут выбор цена удобность. С верифицированными доменами в .ру .рф вряд ли что произойдет серьезное, типа угона (в случае взлома почты+аккаунта и т.п.), все это "лечится" быстро.

+ ООО (особенно если учредитель один) это минимум проблем вашим наследникам (тьфу-тьфу, не дай Бог конечно) при получении прав на домен.