В топ-3 один сайт

Если я правильно понял о чем идет речь, то скорее всего это тот случай когда Яндекс и чаще всего Google и последнее время Mail добавляют в выдачу несколько результатов одного и того же сайта если считают его качественным. Пример.

imisterio, вы правильно поняли

ТС, работайте больше над качеством и релевантностью, чтобы обойти конкурентов

Ну с примером выше для меня все понятно. Официальный сайт сервиса.

В моем случае абсолютно не понятно. Это тоже самое если на каком-нибудь dle-варез-сайте выложить photoshop и он будет в выдаче занимать весь топ по одноименному запросу.

Весь тот не реально... Есть разумные пределы...

Его внутряяки релевантнее вашей главной (или внутренней)