Сервер на пределе?

Запустите top и приложите вывод

top - 16:25:35 up 101 days, 22:55, 1 user, load average: 8.92, 8.54, 7.78

Tasks: 263 total, 13 running, 249 sleeping, 0 stopped, 1 zombie

Cpu(s): 16.2%us, 3.8%sy, 0.5%ni, 78.0%id, 1.3%wa, 0.0%hi, 0.2%si, 0.0%st

Mem: 16383356k total, 14542992k used, 1840364k free, 239460k buffers

Swap: 33553328k total, 32744k used, 33520584k free, 10908372k cached

PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND

6238 mysql 20 0 680m 300m 4360 S 93 1.9 378:11.43 mysqld

4133 www-data 20 0 503m 79m 14m S 87 0.5 0:22.09 apache2

4113 www-data 20 0 505m 80m 13m R 83 0.5 0:23.62 apache2

4865 www-data 20 0 472m 47m 13m R 79 0.3 0:03.51 apache2

4879 www-data 20 0 505m 79m 12m R 77 0.5 0:02.42 apache2

5121 munin 30 10 210m 15m 3228 R 77 0.1 0:02.07 munin-html

4126 www-data 20 0 469m 45m 14m R 51 0.3 0:20.43 apache2

4713 www-data 20 0 474m 49m 12m R 51 0.3 0:04.64 apache2

4257 www-data 20 0 506m 81m 13m R 39 0.5 0:07.15 apache2

4780 www-data 20 0 463m 37m 12m S 37 0.2 0:04.17 apache2

4099 www-data 20 0 506m 81m 14m S 14 0.5 0:30.24 apache2

4213 www-data 20 0 499m 74m 13m R 14 0.5 0:12.16 apache2

4227 www-data 20 0 503m 78m 14m R 14 0.5 0:10.14 apache2

4115 www-data 20 0 506m 80m 15m R 12 0.5 0:23.70 apache2

4180 www-data 20 0 504m 80m 14m S 12 0.5 0:18.78 apache2

4281 www-data 20 0 504m 80m 14m R 12 0.5 0:06.11 apache2

2756 www-data 20 0 99992 5912 1084 S 4 0.0 5:47.02 nginx

конфиг mysql покажите (/etc/mysql/my.cnf или же /etc/my.cnf)

Если не настраивали mysql - прогоните mysqltuner.

Мускуль настраивали специально под мои сайты

Вы проверьте сначала. Судя по графику slow queries ему не так уж и хорошо ☝

Как-то мало памяти он у вас использует.

1.3%wa - дайте больше памяти под приложения и кеширование, чтоб снизить нагрузку на диск.

разгрузите диск свой, мускулю не очень хорошо.

я бы ребут сервера еще порекомендовал.. 101 день аптайма. Иногда очень ощутим результат

Что, когда после ребута сервер не подымается? 🍿

Ребут нужен для обновления ядра. Это все.

ТС, трафику у вас уже порядочно - могут иметь смысл меры по его уменьшению с использованием кеширования на стороне клиента. Чуток и диск разгрузится.

А вообще, имеет смысл начать пинать тех, кто вам "настраивал мускуль" "под мои сайты". Иначе вам щас тут по фотографиям нагадают...

возможно имеет смысл поработать над кешированием "наиболее распространенных тяжелых запросов". но это опять же к программерам и настройщикам мускула