Как с минимальными потерями переделать сайт?

Все зависит от того на сколько большой сайт, какого типа урлы, если порядка 1к стр и сайт того стоит + урлы сео без авто генерации и статичны то прямой перенос на движек в котором можно задавать адреса как категорий так и самих стр вручную и не забудьте что бы ссылки на эти стр с меню сохранились иначе аранжироваться будет совсем по другому ..

Я переносил сайт на 70 стр в течении дня все сделал, поисковик прохавал, через некоторое время позиции просели, за тем спустя пару месяцев вернул с + в некоторых местах.

Это на моем опыте ... слыхал еще что под большие сайты умудряются парсер писать с преобразованием стилей под новый движек, но в работе не видел.

Переносил 1000 страниц, так же позиции просели, а потом поднялись.

какая разница сколько страниц, ставите цмс, сохранив структуру и адреса, как - это уже второй вопрос, более мение прогер с этим справиться

Главная проблема в том, что каждый раздел сайта находится на отдельном поддомене.

На новом сайте хочется все реализовать в рамках одного домена. В этом случае необходимо использовать редиректы?

не вижу проблем в том чтобы оставить поддомены, а так да редиректы надо, но просядите явно и думаю сильно

если не получается сохранить структуру - 301 редирект спасет, позиции если и упадут, то на пару недель только, потом вес передастся на новую страницу.

Да, конечно....