Вопрос по CPanel и ограничению доступа к файлу:

ТС описал проблему с прямой ссылкой на скрипт

я описал именно решение этой проблемы, если бы он задал другой вопрос, был бы другой и ответ

Классические джава скрипты исполняются на стороне клиента. Поэтому их нельзя скрыть от пользователя. Можно только затруднить их чтение.

Простите, но у вас фундаментальные ошибки, разговор идет о JavaScript, куда бы вы его не всунули и как бы он не назывался, он будет выгружен в часть кода сайта и будет просмотрен пользователем... если вы например положите скрипт ну банально в директорию ~root , то веб сервер не сможет его оттуда прочитать.... но при этом он и никак не попадет клиенту... соответственно он не будет работать на сайте..... Как ваше решение помогает в данном случае вообще ? Если это вообще можно называть решением. Сделайте у себя в любом %VHOST% простейший Java, а следом сделайте путем своего решения так, что бы на сайте Java скрипт открывался, но я как посетитель не мог украсть у вас его код... с удовольствием протестирую ваше решение :D