Походу сделал неправильный редирект

Менял структуру сайта, структурировал статьи, помещая их в подкаталоги, для этого прописал 301 редирект в htaccess, чтобы создать один каталог и внутрь него складывать страницы по принципу /operatsii-i-issledovaniya/page2.htm /operatsii-i-issledovaniya/page3.htm и т.д.

Пример редиректа из htaccess как переделал бывшую страницу в каталог

Redirect 301 /operatsii-i-issledovaniya.htm http://www.site.ru/operatsii-i-issledovaniya

Пример редиректа из htaccess как перемещал страницы в каталог:

Redirect 301 /page1.htm http://www.site.ru/operatsii-i-issledovaniya/page1.htm

В итоге в гугле упали позиции (хотя возможно это Пингвин) и в панели вебмастера гугл, в разделе оптимизация HTML появилось несколько страниц с дублированным тайтл и неправильным урлом, например одна из дублированных страниц определилась как /operatsii-i-issledovaniya?query=operatsii-i-issledovaniya.htm , несколько дестяков страниц до сих пор не в индексе, хотя редиректы прописал еще 16 мая. Также при переходе из выдачи к новым страницам у новых страниц добавляется ?query= + название старого урла, походу тоже косяк? Моз бар показывает что веса у этих новых страниц также нет.

В яндексе также страницы из нового подкаталога проиндексировались с этим ?query=

Подозреваю что-то не так в htaccess, для других каталогов прописывал еще следующее правило:

#rules for catalog

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/catalog.*$

RewriteRule ^catalog\.htm$ catalog [L]

возможно в этом дело?

Полный мой htacсess:

Options +FollowSymLinks

IndexIgnore */*

RewriteEngine on

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site.ru$ [NC]

RewriteRule ^(.*)$ http://www.site.ru/$1 [R=301,L]

# parse news methods()

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/articles.*

RewriteRule ^(articles)[/]{0,1}([0-9]*)$ /index.php?query=$1&page=$2 [L]

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/sitemap\.xml$

RewriteRule ^(.*)$ /sitemap.php [L]

#rules for catalog1

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/catalog1.*$

RewriteRule ^catalog1\.htm$ catalog1 [L]

#rules for catalog2

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/catalog2.*$

RewriteRule ^catalog2\.htm$ catalog2 [L]

# if a directory or a file exists, use it directly

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule ^(.*)$ /index.php?query=$1 [L]

#AddType application/x-httpd-php52 .php

AddType text/x-component .htc

Дальше список редиректов 301

Помогите исправить!