Как отреагирует Яндекс?

Так я не рекомендовал как раз так делать, если вы дочитали.

Я сказал, что я бы сделал но вам не рекомендую. Я уверен в себе и ябы предупредил заказчика о рисках и плюсах.

Я же сказал, что если у него и так всё нормально с сайтами, то лучше их и не трогать. Пусть будут как два совершенно разных. Да и пример описан такой, что вроде как бы и ничего страшного не должно произойти, но, как пишут, может. И таким образом "в случае чего" на доказательства того, что это сайты разных фирм может уйти очень много времени, а вместе с ним и посетители этих двух сайтов, а это всё таки потенциальные клиенты.

Действительно, лучше забыть, что это сайты одной и той же компании.

А вообще проще, и на мой взгляд лучше, купить ещё прямые номера СПб и Москвы и разместить их в соответствующих разделах (контакты представительств)

Чего вам стоит бояться? если сайты зааффилируют то по запросам типо "мебель" "диваны" - каждый из сайтов будет как висел так и будет висеть в своем регионе. А вот по запросам типо "мебель в Москве" и "диваны в петербурге" может произойти так что только один сайт будет в выдачи. Но с точки зрения логикик нафига вам двигать питерский сайт по запросу мебель в москве? логично по такому запросу продвинуть московский сайт. Так едиснвенное чего вам стоит бояться это то что по геонезависимым запросам с указанием города в выдаче может быть только один из сайтов.

Есть отличный пример - remontokon (точка) ru. Сайт стоит в ТОП 1 по запросу "ремонт! окон" (2900+ запросов/мес). Регион - Москва

На главной странице сайта целый перечень "партнеров в городах Росии", ссылки ведут на внутреннюю страницу с перечнем тех же городов и названием партнеров в этих городах + прямая ссылка на партнера.

"Партнеры" разместили обратные.

Таким образом сайт получил 15+ узкотематических ссылок на себя.

З.Ы.:

1. robots.txt не проверял на запрет индексации;

2. сайт старый (в своей тематике) - ему все можно :)

3. обмен ссылками в + или в -. По тематике должно быть в +

какая вам разница будет афилят или нет?

сайты заточены под разные регионы и даже если поймаешь афилят, ничего не изменится, каждый сайт будет показываться в своем регионе