Есть ли разница между /link.php и site.com/link.php в плане SEO?

Старайтесь использовать при внутренней перелинковке абсолютные ссылки вида http://site.com/page.php

По крайней мере, это не даст ошибиться.

Надеюсь, что понял Ваш вопррос правильно?