Тот ли регион для Яндекса, что прописан в Я.Вебмастере?

Регион [Москва и МО] и [Москва] это два разных региона. Присваивайте регион Москва, и будет Вам счастье.

1. формально конечно разные, но вбить его при поиске не выйдет, считал всегда, что это объединение не должно отбравывать за сотню и примеры есть

2. не понятно почему Платон оперировал не МО, а именно городом конкретным, неужели контакты смотрел, а не по внутренним данным!?

Проверьте также организацию что присвоена в Яндекс.Справочнике.

Регион что висит в панели вебмастера гораздо менее важен, чем организация..

Согласен, именно такой ответ и ждал, спасибо! Платон, также подтверждает коственно.

Как считаете, забив второй адрес для организации я полностью исправлю ситуацию или требуется удалить старый?

Я думаю лучше оставить один адрес в организации - тот который на сайте.

Если их и на сайте несколько - то тогда уже будет второй, это нормально).

В том то и дело, клиент в области. Вроде и левый адрес вешать не гуд, как и ставить себя в заведомо неравные условия с конкурентами.