О чем говорит порядок проиндексированных страниц?

а когда главная не в конце, а к примеру на третьем месте в вебмастере, это что значит??

видимо по весу страницы. как правильно сказал Kost понятие релевантности тут не применимо.

да нет, вес тут не при чем.