О чем говорит порядок проиндексированных страниц?

о кривом яндексе

Если отсортировано "по релевантности", то логично предположить, что первые самые релевантные. ;)

и в чем релевантность этой выдачи?

Слово "релевантность" тут не применимо. Бывает только релевантность запросу, а никакого запроса нет.

Возможен такой вариант, что первые страницы самые правильно оптимизированные? :)

Опять же, вы оптимизируете страницы согласно запросу.

Тогда интересно, по какому алгоритму сортируются данные в этом случае и стоит ли к ним присматриваться? ☝

Да ну ладно. Даже при запросе "без запроса" страницы сортируются в определенном порядке и между апдейтами его не меняют, значит, числовой показатель (релевантность) для них рассчитывается.

)))))))) может быть траст?

было как то, когда главная попадала под фильтр, в вебмастере она улетала на последнее место.

Так и должно быть, траст и вес тут не при чем.