Проблемы после переноса сайта на другую cms

Ситуация следующая.

Я уже частично спрашивала, но так и не получила ответа, попробую рассказать подробнее.

Чуть меньше месяца назад перенесли сайт на другую cms (с джумлы 1,0 на modx), со сменой дизайна, и с частичной сменой структуры.

Самые важны урлы сохранили, с остальных сделали 301 редирект при помощи mapredirect в modx.

Сейчас ситуация такова, что в вебмастере помимо новых страниц, есть еще куча старых, с которых стоит редирект. Что с ними делать? Ждать, пока Я их склеит?

Вторая проблема в том, что когда была джумла, была куча дублей страниц, неизвестно откуда, и с них мы, естественно, редиректы не делали. Сейчас вовсю полезли эти дубли, и количество 404 ошибок постоянно увеличивается. Часть вообще неясно откуда, часть найдена по внутреннним ссылкам, опять же непонятно с каких страниц. Стасить ли с них редиректы? запрещать к индексации?

В общем, я переживаю, так как первое время с позициями все было ок, а сейчас немного просели, но это немного для нас критично, ибо как правило - выпадение СЧ из топ на вторую страницу.

Спасибо за помощь!