Проникновение на хост.

Но какой с него толк? Разве он будет работать, если у данного юзера нет прав на него?

Что вы имеете ввиду ?

Он и нужен для того чтобы ходить по серверу ,и выполнять команды на нём.

К тому же возможно порутали сам сервер.

Какой движок на сайте?

Какое ядро на сервере. uname -a ?

есть ли старый phpmyadmin ?

Поставил на файлы, которые злоумышленник всегда правит, и на директории, куда свои скрипты подгружает, права другого владельца и другой группы, и запретил запись. Больше следы его деятельности не появлялись. На сколько я понял, это говорит о том, что у него нет контроля за сервером, только внутри юзера, и шеллом он пользоваться не может. Всё правильно?

Мало информации

Может у тебя там на директорию права 777

Тогда смена владельца не поможет

Разве можно внести изменение в файл, лежащий в директории 777, если владелец файла (другой юзер) выставил ему права 555?

Его можно стереть и заменить своим

Попробуйте стереть файл с рутовскими правами. :)

Чисто для практического интересу: саповцы помогают в таких случаях найти концы?