Проникновение на хост.

У вас сервер, впс или виртуальный хостинг?

Если сервер, то только переустановка ОС, так как системные утилиты уже могут быть подменены хакером.

Способов проникновение на сервер и защит есть множество, тут такие темы уже были.

Я бы поиск дыр начал с изучения логов access.log и других логов.

Сервер. Причём интересно то, что на нём сидит несколько сайтов, а ломятся только на 1.

А в какой папке он лежит (isp manager)?

Для решения проблемы необходимо узнать каким образом влезли на сервер изначально. Если первый пароль ушёл, то и второй пароль мог уйти тем же путём.

Мало информации. Какая операционка, движок сайта?

Sower, mod-log в папке юзера

Судя по этому простейшему вопросу, сами дыры не найдете.

Нужно нанимать админа или брать учебник по linux и читать его начиная с первой страницы и хотя бы до середины.

можете мне в аську или скайп постучать, гляну что там у вас.

С компа вряд ли пароль ушёл. Стоит KIS 10. Про сканировал, всё гуд. Кое какие мысли есть... В одной маловажной папке на сайте, забыл удалить после работы файл jsys.php от 2006 года. Благодаря стучащей FireFox гугл проиндексировал этот адрес, и он какое-то время был доступен для поиска по соответствующему запросу. Но я так думал, что через эту панель можно продвигаться лишь на уровни выше, но не как не в корень. Разве нет? Доступ к shell у юзера был отключён с самого начала.

шелл тебе залили..

Сам файл возможно и залили, много чего инородного удалял, когда чистил. Но какой с него толк? Разве он будет работать, если у данного юзера нет прав на него?