Есть ли смысл дублировать разделы сайта?

В смысле у вас получились 2 раздела с разными УРЛами?

Раздел один и тот же и статьи в них одни и теже, но УРЛы получились разные.

Другими словами, я продублировал в футере главное меню сайта.

Если хотите делайте, но в noindex и nofollow его спрячьте. Или в ява закодирует.

upd

К одной статье должен вести один путь. Остальные пути закрывайте от индексации.

Я правильно понял, что два главных меню на сайте - это плохо? Одно из них у меня вертикальное слева, другое внизу горизонтальное.