В пустой строке кода невидимые символы - такое возможно?

перенос строки - это не просто перенос строки, как вы выше написали. компьютеру ж как-то нужно понимать, что нужно переходить. Вот потому переносы кодируются определённой последовательностью символовом. Для windows - это \r\n, для линукс - \n, для старых маков - \r (у новых кажись как у линукса сейчас но не уверен). Нужно смотреть где могут выводится эти символы и уже в зависимости от ситуации вносить нужные изменения. Не видя код сказать что-то трудно, кроме вот такой телепатии.

Насчёт BOM - мне кажется врядли - бом ставит отметину в начале файла и её обычно видно, но всё может быть.

у меня было регулярное выражение

 $bbcode =~ s/\[b\]([\s]+)\[\/b\]//gsi; 

для обработки текста

 * 



 * 



 * 



 * 



 * 



 * 



 * 



 * 

регулярное выражение не раболо, так как там вместо пробела был символ

use Devel::Peek;

print Dump ($out_bb);

Devel::Peek; написал что там какой-то левый символ:

 \240 

решил так:

		       $out_bb =~ s/\[b\](\s+\240\s+)\[\/b\]//gi; 

можно использовать \p{Zs}. \240 это неразрывный пробел,