Лучше ссылки в новых статьях или в старых

ncx, а не запарится ли мозг поисковика миллиарды страниц в своей памяти хранить?

Это еще вопрос - хранит ли поисковик историю изменения страницы и учитывает ли он ее. Может он просто заменяет страницу у себя в кэше и переранжирует ее в соответствии с новым содержимым, не учитывая какие именно были внесены изменения.