Наличие номера телефона в сниппете.

да, тоже такое наблюдала один раз.

но думаю это не четкая закономерность.

я бы рекомендовала не включать в title ничего лишнего, что может снизить вес ключевых слов....

Пару лет назад пришлось делать дубль сайта т.к. создалось впечатление что сайт вылетел из-за номера телефона в title. Тогда предположили что это мешает коммерции Яндекс-Директа. Сейчас часто вижу номера телефонов в title и те сайты не вылетают из выдачи, стоят подолгу, с небольшими флуктуациями.

Ну ясное дело, что с номером телефона ВОЗМОЖНО находиться в выдаче. Речь о том, что для этого нужно больше ссылок, опять же ИМХО. Что касается "разбавления веса ключевиков в тайтле мусором", то тут возражу: телефон был добавлен за счёт другого мусора, т.ч. тайтл не стал длиннее.

То есть то о чём я толкую выглядит как минимум фантастично - 30 позиций вниз по запросу "окна ПВХ" это много. Ясное дело, что причину такого падения надо искать во внешних факторах, но при этом я вижу другой пример: "кондиционеры". Оба сайта ОДИНАКОВО продвингаются, у них ОДИНАКОВЫЕ морды которые с ОДИНАКОВОЙ интенсивностью докупались. Вот такая история... Если есть идеи, в чём ещё может быть причина - велкам.

Что касается помех яндекс-директу, то тут целых две причины, по которым яндекс может понижать выдачу сайтов с телефоном:

1. Повышает привлекательность оптимизации для текущих клиентов директа

2. Снижает CTR (хотя это "снаружи" доказать сложно, но у яндекса эта статистика наверняка ведётся).

У одного индекс хранится на одном серваке Яндекса, у второго сайта - на другом. При апдейте первый сервак не ответил или не ответил сервак с куском ссылочной базы первого сайта или ещё чего-нибудь.

Беки смотрели после апдейта? Все одинаковые для этих сайтов или что-то потерялось? Это как вариант.