Яндекс индексирует ссылки с nofollow ?

Да-да, именно так)) В конце каждой ветви алгоритма Яндекса стоит маленький рандомайзер, который выбирает из определенного множества чисел одно и в зависимости от его четности-нечетности решает учитывать этот параметр при ранжировании этого сайта или нет)))))

Девиз алгоритма Яндекс - "русская рулетка на конце у каждой ветки!"

Факт что Яндекс переходит по ссылкам с nofollow, но может их не учитывать, хотя кто его знает чего он там с ними еще делает - надо проверять.

у меня тоже частенько такие ссылки Яндекс индексирует, некоторые потом пропадают, а некоторые остаются

Наблюдаю за атрибутом nofollow, уже месяц - ссылки некоторые работают, а некоторые нет...Этот Яндекс.Вебмастер сплошной глюк, так как бывает, что ссылку месяц, а то и больше снял, а она висит в Яндекс.Вебмастере. Так что за опору этот сервис я бы не брал )))

В ЯВМ отображаются все ссылки, найденные роботом, но вес с этих ссылок не перетекает, и, действительно, как было замечено выше, со временем ссылки выкидываются из ЯВМ.

[Из справки ЯВМ]