Error Call to undefined function mysql_connect

всем кто пытается вызвать php -m - не верьте.

в дебианах у /usr/bin/php и модуля apache разные конфигурационные файлы.

для проверки надо делать страничку из <?phpinfo();?> и ее инспектировать.

подробности ошибки могу быть в error.log апача

Ну конфиги может и разные,но кто вызывает php -m тот увидит какие модули есть для работы, так как он вызовит php бинарник, он один в системе, поэтому php -i | grep php.ini покажет где находиться php.ini системы.

madoff, бинарников минимум три - php, php-cgi, libphp5 .so (или как его)

Да, но TC надо было php вызвать с под шелл, а он один в системе.