Как отключить PHP директиву disable_functions в php.ini ?

На официальном сайте написано, что её можно отключить только в самом конфигурационном файле php.ini. У меня Ubuntu с Apache2 и PHP как модуль для Apache. Там этих php.ini целых 3 файла. Я во всех отключил эту директиву и после перезагрузки сервера она всё равно работает. Как это вообще возможно? Я там всё стёр в php.ini. Патом гляжу инфу через phpinfo(); и там целый список этих функций. Вообще не понимаю откуда он их берёт. Может эту директиву надо ещё где то отключать?