Как Яндекс понимает nofollow?

Вы внутренние ссылки хотите закрыть от индексации? Зачем?

Насколько мне известно атрибут nofollow запрещает передавать вес сылке, но не запрет по ней ходить, и если найдут по такой сылке новую страницу на моем сайте то проиндексируют ее. Поправьте меня если я не прав.

Очень сложный подход. nofollow - это атрибут для Google. Он означает, что ссылка не индексируется в качестве ссылки. Что касается индексации, то Google индексирует вообще всё, но показывает в выдаче то, что считает нужным. И так, как считает. И в том поиске, в котором сочтёт нужным это сделать.

Мне просто не понятны Ваши цели. Чего Вы хотите добиться?

bukvofil, Уменьшить количество открытых внутренних ссылок на странице.

Да. Nofollow превращает ссылку в простой текст. Это и есть его основное назначение. Но только по Google.