Как поставить watemark на видео .FLV?

сорри, не внимательно прочел. Соберите предыдущий ффмпег в другую директорию и сможете использовать vhook. Так будет проще. Мы так собирали только на более новую версию относительно репозитория дебиан. У вас получается наоборот.

наложение лого на все кадры по-любому потребует перекодировки всего фильма.

Под винду есть такая прога virtualDub - так вот я ей приклеивал заставки к большим avi файлам на ленту без перекодирования, главное чтобы кодеки были одинаковые.

заставка (1Мб) + файл (700мб) без перекодирования = видео с заставкой получалось чуть дольше чем за 30сек, т.е. на лету

В ффмпег не пробывал так делать но им тоже можно клеить файлы.

В вашем случае могу предложить метод который используют наши киношники. Для каждого кинотеатра создается своя копия в которой спрятан кадр с спец меткой. И потом в экранках ищут это спрятаный кадр.

Вы можете сделать что-то подобное. Не пережимая весь добавить в некое место кадр с меткой юзера который скачал фильм