Что делать после спам атаки?

Удалите комменты с ссылками и всё.

всё нужно делать вовремя, т.е. удалять комменты когда они только появлялись.

Действительно - профилактика всегда эффективнее лечения. Или закройте комменты от индексации ...

Да комменты я уже удалил давно. Но имеет ли смысл дальше прокачивать сателлиты, ил репутация этих сателлитов уже подмочена окончательно?

Нет конечно, работайте дальше.

Работайте конечно?

На чем сателлиты? Если на Wordpress, то там есть возможность премодерации комментариев.

Лучше изначально отключайте полностью возможность комментирования. Смысла сидеть и ждать осмысленных комментариев думаю нету, их и не будет.

Как вариант, сделайте чтобы все ссылки открывались через редирект вашего домена и тиц никуда не уйдет :)