Насколько большим злом является ссылка страницы самой на себя?

Конечно, зло! Хотя бы потому, что все, что не полезно - то вредно.

А Вы сравните с другими вариантами, предложенными Вами же: вот где истинное зло! Ссылка страницы самой на себя - это укус комарика по сравнению с ОТСУТСВИЕМ ссылок на главную со всех страниц сайта.

Если Вы не можете ее перекрыть - то оставьте, как есть. Это не сильно влияет; по Вашим сайтам куда полезнее скормить Гуглу еще десяток страниц по тематике (с фотками, графиками, контентом, - одним словом, как положено). Вот это даст реальную прибавку к трафику по СЧ и НЧ. Ведь каждая страница в основном индексе = деньги в Вашем кармане: Вы спите - а они капают. "Конверсия" называется, однако ... :)