Внутренняя перелинковка что-то дает для выхода в топ по определенному запросу ?

Скорее, не "игнорирует", а снижает вес запросам, входящим в меню. Но для КАЖДОЙ страницы! А поскольку меню обычно скврозное, то таких страниц - а, соответственно, и вхождений, - много. Пусть даже с малым весом.

Никто и не спорит, что лучший вариант - это делать меню с уникальными анкорами на каждой странице, да еще в контекст статьи встраивать. Однако как это сделать технически? Задача настолько геморная, хоть и понятно, как реализуется, что для сайта с более, чем 1000 страницами, лучше и не браться.

это не означает что ссылка с меню не передает вес

да ))