Стоит ли закрывать от индексации index.php?

Это по сути дубль основной страницы. ПС дубли не любят…

Бана конечно не будет, но некоторые позиции по которым продвигается страница возможно будут потеряны…

Закрывате в любом случае. От этого точно ничего не потеряете. А вот если оставить дубль в индексе это может не понравиться Яндексу, как Вам и написали выше. Да и не только Яндексу.

Вообще-то, они стараются наладить систему фильтрации дублей и, думаю, вопрос с индексом уже учли. По крайней мере, закрытие его в роботс встречается нечасто (взять хотя бы http://promo.adeon.ru/ ;)). Вреда, думаю, точно не будет, но вот в реальной необходимости сомневаюсь.

Такие дубли не скажутся на позициях, проверено. Но лично я бы закрыл для порядка что-ли) Чтобы люди знали оргинальный адрес страницы входа, потому как в индексе иногда могут всплывать вот эти вот адреса.