Очистить БД WP от дублей

Возможно это дубли, которые образовались от нескольких версий одного и того же документа.

В wp-config.php нужно добавить строчку

define('WP_POST_REVISIONS', n);

где n-количество ревизий, если его поставить в ноль, то версии не будут сохраняться.

Есть вроде плагины для удаления дубликатов, но думаю самый простой способ - зайти в phpmyadmin и выполнить запрос, который удалит дубли всех постов (например, у которых одинаковый заголовок)

Чревато проблемами, если неправильно запрос задать и забыть перед этим сделать бэкап, а так чаще всего и происходит...

Ну если нет уверенности в своих действиях, то конечно нужно делать бэкап. Хотя даже если есть уверенность, то тоже нужно :)

Вот пример запроса, который удалит дубликаты записей по заголовку:

ALTER IGNORE TABLE wp_posts ADD UNIQUE INDEX  titleindex  (post_title(255)) ; 

ALTER TABLE wp_posts DROP INDEX titleindex; 

Здесь нужно поставить нужный префикс таблицы, перед выполнением сделать бэкап

P.S. здесь предполагается что заголовки постов не слишком длинные

а еще можно использовать плагин, например DelRevision

ну и естественно, над файлом config.php произвести манипуляции, которіе описал mgarkunov