Проблема с доменом 3 уровня

Здравствуйте, прошу прощения заранее если вопросы сильно нубские, но вчера сутки просидел на форуме и ответов на вопросы ниже не нашел :(

Итак. Имеется два абсолютно разных сайта.

Один на домене 2 уровня.

чтото.ру

Второй на этом же домене но 3 уровня.

ктото.чтото.ру

Недавно сменил движок и полностью переписал контент для продвижения сайта. Закинул сайтмап на яндекс. Яндекс все прожевал и проиндексировал через неделю. Появилась хорошая динамика по некоторым запросам, но появилась следущие проблемы:

1. Яндекс почемуто считает, что оба сайта это одно и тоже. Тоесть берем запросы из пересекающейся тематики, и в выдаче видим сайт с доменом 3 уровня. Если нажать "Еще с сайта" то следующей страницей оказывается искомая и нужная страница. Параметры сайтов разные у 3 уровня - PR0, у второго уровня PR4. Единственное что вижу, это то, что новый контент слишком новый и цитируемость его страниц невысокая. Тоесть если дальше двигаться темже курсом, в скором времени будет выдаваться как и раньше первым домен 2 уровня. Но так ли это - незнаю...

Вообще возможно ли как то разделить эти сайты для Яндекса? У Гугла таких проблем я не заметил...

2. В базе Яндекса проиндексировано много удаленных страниц устаревших очень и очень сильно. Возраст некоторых довольно приличный, и они естественно мешаются. Есть ли еще какой-нибудь способ повлиять на то, чтобы их удалили из индекса, кроме как правильный сайтмап и блокирование в robots.txt

3. На сайте имеется большое колличество самописных статей в месяц порядка 10. Сколько должно пройти времени с момента индексации новой статьи, прежде чем ее можно распространять через банки статей и прессрелизы со ссылкой на сайт, с учетом того, чтобы авторство оставалось за моим сайтом? Или проще не ждать, а рерайтить статьи и раскидывать где-попало?