Как относится ПС к сайтам, на которых стоит pop-up реклама?

ни как не относится.

from_ukraine, всмысле никак? Я слышал что Яндекс, например, на такой сайт налаживает различные санкции, а иногда дело может дойти и до бана?

ПС пофиг, а вот пользователи относятся очень отрицательно.

Т.е. ПС не может выдать какие-нибудь нарушения сайту?