2 сайта

Вот это далеко не факт. Рядом они будут только по очень специфическим запросам, ибо продублировать влияние всех внешних факторов на оба сайта практически невозможно.

Может и не рядом, вопрос в том, как поисковики( точнее сказать модеры, т.к. роботу это пофиг) отнесутся к идентичному контенту?

У Яндекса, например, есть специальный робот-зеркальщик. А потом лишние копии сайта выкидываются. Аналогичные по назначению алгоритмы есть у Рамблера, Гугла и т.д. Тем более было употреблено слово "идентичный" контент.

Либо склеят, либо нет (в зависимости от того, насколько все же структура и дизайн будут разные). Но забанить не должны.

А оно того стоит? Лучше все усилия на один сайт направить. Но если хочется 2 сайта на одну тематику, то лучше делать с разным контентом и раскручивать каждый по своим запросам. Половиной запросов нагрузить один, половиной другой.

Впринципе я так и планирую сделать с первым сайтом, но только домен и дизайн не менять, а просто по субдоменам распихать разделы.

Структура и дизайн будут абсолютноо не похожи на первый, но контент-то будет одинаковый. Из-за контента могут склеить?

Могут. Все зависит от возможностей конкретного зеркальщика.

Т.е робот может по одному только контенту вычислить зеркало?

Это надо у разработчиков спрашивать