Html, Php или ЧПУ?

Вы ошибаетесь на счет сессий, ИМХО. В базе появляется много дублирующих друг друга страниц с разными URLами, когда их становится очень много - Яндекс может поуменьшить количество страниц этого сайта (читай - выкинуть кусок сайта). Сугубо ИМХО.

1 дело не в ссылках в данном случае, а в адресе (ссылки есть - роботы их знают)

2 на php проще, а в этом случае роботы в большинстве случаев дальше html идти не собирается.

😕 в смысле?

Наврятли он там все ссылки хранит.. Из своего опыта написания поисковиков могу сказать, что благодара нехотрому алгоритму ссылки лучше склеивать по уникальности контента.. т.е. прошёл.. ссылок и контента собрал, а потом все ссылки, ведущие на одинаковый контент убил (кроме одной).. Думаю, что и в яндексе после обхода сайта (страниц 400 массимум за раз) происходит "отстрел" дублирующих ссылок. А вот если контент сильно менятеся случайным образом.. хм.. вот тогда и сработает ограничение..

NetBot, еще как хранит. Ставил эксперимент - сайт и 10 страниц со стартом сессии на всех страницах - в Яндексы было 4 тысячи страниц с этого сайта.