Помогите подстроить my.cnf под большие запросы и мощный сервер

таким макаром ничего не получится. Непонятно какие именно запросы там работают.

mysqltuner.pl запускали ? попробуйте и покажите здесь вывод этого скрипта.

slow-log, который у вас выключен, тоже.

Novoselsky пример запроса кинь ) так сказать трудно что тормозит. Но однозначно запросы плохо составлены. Откажитесь от ORDER BY, настройте мускул на своевременное закрытие подключений. Кладите данные правильно в базу. Возможно стоит статистика своя, которая выполняет критические для сервера запросы. Всяко нужно глянуть пример запросов к мускулу. Однажды тоже мучался с подобными проблемами, на данный момент отказался основательно от ORDER BY и использую только в крайних случаях.

"show status;" в студию :)

my.cnf, обычно и правильно, подгоняется на месте с использованием собранных данных. Можете к нам обратиться, условия обсудим и договоримся.