А как Яндекс относится к доменам ниже третьего уровня?

espada, уровень выше третьего значения не имеет. Тем более базовый домен - хостинговый и Яндекс относится к нему нормально, как к полноценному сайту. Но с другой стороны - подумайте о пользователях, которым запоминать такой адрес. А и в снипетах некрасиво будет смотреться.

Ну, я не думаю, что кто-то станет нарочно запоминать его из поисковика. А там, где мы сами даем ссылки (в т.ч. в бумажной газете и на визитках) - даем правильный адрес второго уровня.

Однако есть дополнительный вопрос. Вот есть у меня домен чего-то.net.ru, и есть хостинг с уймой места и бесконечным числом поддоменов. И несколько проектов, деньги на которые тратить жалко, а запустить уже хочется.

Вопрос: как Яндекс воспримет сайты типа proect.chego-to.net.ru?

Проиндексирует.

нормально проиндексирует

особенно с разным контентом