Можно ли продвигать сайты с ~

Индексируются. Вот пример

Вот только каждый такой сайт считается страницей основного сервера, а не отдельным сайтом. ИЦ, например, будет считаться отдельно только в случае, если прописать этот сайт в каталоге Яндекса. Как мне кажется, продвигать то такие сайты реально, вот только наверняка сложнее и дольше (сам экспериментировать бы не хотел). Вот недавно заказчик хотел продвигать такой сайт, я убедил его в том, что лучше зарегистрировать домен и проплатить хостинг, да к тому же и имя доменное свободно было.

Вполне реально. Отличий никаких, только со статистикой проблемы (referers многие определяются с основного сервера).

ЗЫ: Я с таким доменом смог обставить всех конкурентов :))