Внутренняя перелинковка при большом количестве страниц

Просто отдельно создаешь два файла в одном код верхней части сайта с менюшкой, в другой код нижней части сайта, эти два файла подключаются к страницам с контентом. Сделать можно через JavaScrit, SSI или серверные языки, а если вообще не хочешь голову над этим ломать, сажай сайт на CMS

У сайта есть структура, или это просто помойка из одинаковых страниц (типа новости)?

joomla стоит

roma095, я думаю, в несколько разделов и подразделов можно разместить практически любой ресурс :) Грамотно проделайте эту операцию, чтобы любой юзер мог в небольшое кол-во кликов попасть на нужные страницы или на их большинство. :)

Может помочь грамотно построенное меню.

При правильном строении меню сайта, проблема перелинковки практически отпадает.

Также можно сделать маршрут по сайту (Пример: "Главная > О нас > Контакты").

В данном деле фантазии нет границ. Мой совет это маршрут по сайту, очень полезная, легкая и, главное, рабочая система.☝

попробуйте разобрать страницы, разложить их по разделам

ещё помогает модуль который выводит подобные статьи на эту тему

/ru/forum/comment/2681466

А вдруг ПС стали грамотнее и тоже учитывают нечто, уже вчерашее (несколько быстрее вас, догоняющих вчерашнюю моду)?

Не приходила ли мысль о проверке эффективности... на ограниченной выборке... перед перелинковкой тыщи страниц?