Правильно ли мы поступили?

Фильтр на сайт2 наложат, скорей всего бан на подходе, а вот гугл к таким вещам нормально относится.

Как исправить ситуацию?

Это не бан, это зазеркаливание. Вот: http://help.yandex.ru/webmaster/?id=995297

Решение: выложите на зеркалах robots.txt с директивой Host.

Правильно сделали.

На первый сайт закрыть роботсом, удалить из Яндекса. Проставить ссылки на новый подождать 2 недельки

Ну или host . Мне кажется первый метод надежнее

Нужно было просто на время разработки закрыть site1.ru от индексации.

Раз уж Вы уже прописали главный хост в robots.txt (robotS.txt) на обеих сайтах, то остается только ждать, пока придет зеркальщик и поклеит зеркала (определит главное зеркало). Ни о каком бане или наложении фильтров в данном случае речи не идет.

Еще можно сделать следующее:

* на сайте1 прописать абсолютные адреса урлов, чтобы они вели на страницы сайта2 (если это сложно, сделайте такие урлы хотя бы с главной).

* сделать 301 редирект с домена site1.ru на site2.ru (для Гугла работает на 100%, для Яндекса должно также работать, но, ИМХО, лучше дождаться обычной склейки зеркал)

Мне нужно, чтобы site1.ru удалился из Яндекса, а site2.ru проиндексировался. А в файле .htaccess ничего не нужно прописывать? Или прописать в роботсе информацию на закрытие сайта1 от индексации + поставить редирект на site2.ru ?

1. В роботсе просто закрываем от индексации первый сайт

2. Удаляем его из яндекса через формочку для удаления

3. Добавляем нужный сайт в адурлку

4. ставим ссылки на новый сайт

Закрытие от индексации так прописывается?

User-agent: Yandex

Disallow: /

Зачем?

Тогда уже просто в сделать 301 редирект с домена1 на домен2.

edishe, Вы сайт на домене1 хотите сохранить или нет?

Нет, сайт будет на site2.ru