50 сайтов разной тематики на одной cms, на одном сервере - как яндекс отреагирует?

У каждого сайта свой контент, зачем дублировать контент на 1 сайте с другого ? Вы автоматом убиваете индексацию.

Рерайт ? В любом случае, я думаю, контент как минимум под замену. С увеличением общего числа страниц в добавок.

Касательно линковки не подскажу.

ну ет клиенту кто-то сказал что продвигать сайты лучше по раздельности чем один большой..вот терь и мучаюсь)

Ну можно продвигать и так и так. Главное понимать зачем это делается.

Если все 3 сайта в один ТОП это жестока, одной компании.

Если 3 сайта в разные ТОПы - это более затратно. Один большой по многим ключам, тоже свои заморочки.

Просто зачем контент размещать и там и там, не понятно. Получается сам у себя ворую. :)